엔비디아(www.nvidia.co.kr, CEO 젠슨황)는 독일 함부르크에서 개최중인 국제슈퍼컴퓨팅희의(Internatioanl Supercomputing Conference)에서 엔비디아® 테슬라(Tesla)® GPU가 신종 인플루엔자A 바이러스(H1N1) 유행을 예방하기 위한 연구에 활용되고 있음과, 고성능 컴퓨팅(HPC) 애플리케이션의 성능을 높여줄 엔비디아® 테슬라(Tesla)® K10 GPU의 새로운 벤치마크를 공개했다.
H1N1 바이러스
영국 브리스톨 대학과 방콕 반솜데즈차오프라야 라자바트 및 출랄롱코른 대학의 연구진은 컴퓨터 시뮬레이션을 활용해 H1N1 변종이 어떻게 바이러스 건효소의 화학 및 생물학적 구조역학을 변화시키는지 관찰했고, 최초로 기존 치료제의 내성기전을 밝혀냈다.
그간 H1N1 퇴치의 가장 큰 어려움은 타미플루®(oseltamivir)와 리렌자®(zanamivir) 등의 치료제를 무력화시키는 바이러스 변종이 예기치 않게 자주 등장한다는 데 있었는데, 이번 성과를 통해 바이러스 변종을 치료할 억제제를 신속히 개발하고, 장래 발생할 수 있는 H1N1 유행의 치사율을 줄일 돌파구를 찾을 수 있을 것으로 기대된다.
엔비디아 테슬라 탑재, 영국 브리스톨 대학 컴퓨팅 클러스터
연구진은 고성능 엔비디아 테슬라 GPU를 갖춘 소규모 클러스터로 앰버(AMBER) 분자동역학 어플리케이션을 이용한 시뮬레이션을 가동해 CPU 단독 클러스터 사용 대비 절반의 시간과 5분의 1에 불과한 서버 수로 H1N1 내성기전을 밝혀낼 수 있었으며, 총 10개의 시뮬레이션을 완료하는 데 약 1개월이 소요되었는데, 이는 CPU 단독 시스템에서는 2개월이 걸릴 작업이다.
엔비디아는 보다 많은 연구자들이 GPU 가속 시스템을 경험해 볼 수 있도록 GPU 테스트 드라이브(GPU Test Drive) 프로그램을 시작하였다. 전산화학자 및 생물학자들은 원격 호스팅된 GPU 클러스터에서 무료로 GPU 가속 분자동역학 시뮬레이션을 사용해 볼 수 있다. 등록 및 상세 정보 안내는 GPU 테스트 드라이브 홈페이지(www.nvidia.com/gpu-test-drive)에서 확인할 수 있다.
한편, 엔비디아는 국제슈퍼컴퓨팅희의에서 케플러(Kepler)™ 아키텍처에 기반한 테슬라(Tesla)® K10 GPU의 새로운 벤치마크에 따르면, 단정도 성능(4.58 테라플롭)과 메모리 대역(초당 320GB)을 단일 가속장치에서 제공한다고 밝혔다.
또한, 생체분자학 시뮬레이션 소프트웨어 어플리케이션인 AMBER로 테스트한 결과, 4개의 테슬라 K10 GPU로 23,558 원자분자에서 하루 만에 76 나노초 컴퓨터 시뮬레이션 시간 성능을 달성, 2011년 4개의 테슬라 M2090이 달성한 기존 기록을 갱신했다.
생명과학 연구자들이 사용하는 또 다른 어플리케이션인 LAMMP의 레너드 존스 리퀴드 벤치마크(Lennard Jones Liquid Benchmark)로 테스트한 결과, 단일 테슬라 K10 GPU는 테슬라 M2090 GPU보다 80% 높은 성능을 제공하며, 64개 x86 CPU 클러스터에 맞먹는 성능을 제공한다하는 것으로 밝혔다.
엔비디아 테슬라 GPU에 대한 더 자세한 정보는 홈페이지(www.nvidia.co.kr/tesla)에서, H1N1 예방 연구에 사용 중인 엔비디아 테슬라 GPU에 대한 자세한 정보는 www.nvidia.co.kr/tesla에서 찾아볼 수 있다.
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