엔비디아(http://www.nvidia.co.kr/, CEO 젠슨황)는 중국 상해교통대학 연구진이 엔비디아 테슬라 GPU 기반 시스템에서 오픈ACC(OpenACC) 프로그래밍 표준을 활용해 유전체학 어플리케이션을 최대 16배속으로 가속했다고 전했다.
‘DNA디스트(DNADist)’ 유전체학 어플리케이션을 통해 확인한
정상 적혈구 세포(좌)와 겸상 적혈구(우) 세포의 모습
중국 상해교통대학 연구진은 엔비디아® 테슬라®(NVIDIA® Tesla®) GPU 기반 시스템에서 CAPS 엔터프라이즈(CAPS enterprise) 오픈ACC 컴파일러를 사용하고 어플리케이션 코드에 간단한 다이렉티브(Directive) 4개를 추가하여 ‘DNA디스트(DNADist)’ 유전체학 어플리케이션을 16배속으로 실행할 수 있었다.
DNA디스트는 진화의 역사에서 다양한 종 간의 유전적 연관성을 연구하기 위한 거리행렬(Distance-matrix) 어플리케이션으로, 다운증후군과 혈우병, 낭포성 섬유증, 겸상적혈구병 등 유전병 치료법 연구의 초기 단계에 쓰인다. 연구자들은 DNA디스트를 활용해 뉴클레오티드(Nucleotide) 배열을 읽고 DNA 시퀀스 데이터에서 정보를 추출할 수 있으며, 이를 통해 흔히 발병하는 유전병의 원인과 치료법을 보다 정확히 규명할 수 있다.
한편 오픈ACC는 다이렉티브를 사용하는 병렬 컴퓨팅의 프로그래밍 표준으로, 전 세계에서 수백 만 명의 연구자들이 GPU 컴퓨팅을 사용할 수 있도록 설계되었으며, 이를 활용하면 병렬 프로그램에 대한 사전 지식 없이 기존에 익숙한 프로그래밍 모델을 사용해서 수 시간 내로 연구 속도를 높일 수 있다.
CAPS 엔터프라이즈는 2012년 9월 6일 무료 개방 웹 세미나를 개최하여 오픈ACC 사용 사례와 모범 사례를 소개하고 DNA디스트 어플리케이션 가속에 대한 보다 상세한 정보를 제공할 예정이다. 웹 세미나에 대한 세부사항 및 등록 안내는 관련 웹페이지에서 확인할 수 있다.
엔비디아 테슬라 GPU에 대한 자세한 정보는 www.nvidia.co.kr/tesla에서, 쿠다(CUDA) 병렬 컴퓨팅 아키텍처에 대한 내용은 www.nvidia.co.kr/cuda에서 확인 가능하다.
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