소니 NEX-6는 기존 NEX-5N과 동일한 1080p 풀HD 동영상의 24P/60P 촬영 모드를 제공한다. 일반적인 디지털 카메라의 동영상 촬영이 30P 또는 60i인 경우가 많으나 NEX-6는 부드러운 영상을 담을 수 있는 60P 모드와 영화같은 효과를 적용하는 24P 모드를 지원한다. 또한 60i 모드와 MP4 포맷에서의 1440x1080, VGA(640x480) 촬영 옵션도 갖췄다.
NEX-6의 동영상 촬영 모드는 기존 NEX 시리즈와 같지만, 동영상 촬영에 특화된 파워줌 버튼이 들어간 SELP1650 렌즈와 그립 부분으로 위치를 변경한 원터치 동영상 촬영 버튼으로 편의성을 개선했다.
수동으로 줌링을 돌려서 조작하는 일반적인 렌즈교환식 카메라는 손으로 줌링을 돌리는 간격이나 속도 때문에 중간에 딜레이가 생겨 촬영 중 줌 기능을 사용하기 어렵다. 그러나 파워줌 기능을 이용하면 컴팩트 디카나 캠코더의 줌 레버와 마찬가지로 광각부터 망원까지 끊김없이 일정한 속도로 줌 기능을 사용할 수 있어 동영상 촬영시 유용하게 쓰일 수 있다.
30P 모드를 지원하는 일반 풀HD 동영상에 비해 NEX-6에 들어간 60P 모드는 2배 많은 프레임으로 보다 부드러운 촬영을, 일반 영화와 동일한 24P 모드는 시네마톤 효과를 적용해 영화의 느낌을 낼 수 있도록 했다. 다만 유튜브에서는 60P 동영상을 업로드해도 자체 인코딩으로 바꿔 버리기 때문에 24P와 60P의 차이를 확인할 수 없다는게 아쉽다.
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