iOS 10.3에서는 지난해 맥OS 시에라와 함께 선보인 APFS(Apple File System)로 파일 시스템이 바뀌게 된다.
APFS는 플래시 기반 스토리지의 데이터 무결성과 암호화에 장점을 보이는 것으로 알려졌는데, iOS 10.3 설치 장비의 파일 시스템은 자동으로 APFS로 변환된다. 이 과정에서 저장 데이터에는 별도의 영향이 없는 것으로 알려졌지만 만일의 사태에 대비해 필요한 자료는 별도 백업하도록 권장된다.
iOS 10.3 업데이트에 따른 파일 시스템 변경은 아이폰/ 아이패드/ 애플 워치/ 4세대 애플 TV에 적용될 것으로 알려졌는데, 현재 애플 디바이스에는 1998년 맥 OS 8.1에서 처음 도입된 HFS+ 파일 시스템이 사용되고 있다.
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